一进入赛季，每星期来自不同鸽舍的鸽子免不了要聚集在集鸽笼里，紧密的接触将大幅提高感染的机会。不过，种鸽舍倒是可以自行控制，任何一羽新引进的种鸽，都应该被视为潜在的带病菌者，因为隐形的带病菌者是极为常见的。这些带病菌鸽受到紧迫时，排出的粪便里便会带有沙门氏菌，这时，如果兽医师进行检验便能够发现病菌。但即使是带病菌者，如果在其他时间检验却有可能呈现阴性。因此，例行性的检验新种鸽的粪便，结果不一定可靠。如果有一羽种鸽偶尔变得很安静，不愿意活动并拉青便，就该怀疑它是沙门氏菌的带病菌者。
引进新种鸽时，尤其是来自可疑鸽舍的鸽子必须先做隔离，并用相关药物进行治疗后才可让它们进鸽舍。抗生素治疗只对血液能够到达的器官或部位有效，有些带病菌鸽所携带的沙门氏菌会躲在血液无法到达的部位，像是肝脏出现微脓肿现象，即使抗生素也无法见效。
鸽舍卫生
沙门氏菌不但能在鸽舍里生存，还可以继续繁衍，所以鸽舍、食物和饮水都必须保持清洁。定期清理和消毒是预防沙门氏菌在鸽舍里生长的最佳方法。
正确用药
有好几种抗生素都可用来治疗沙门氏菌，最常用的是2.5%拜有利。若进行全舍治疗，1毫升加入1升水中稀释。若为个别治疗，每羽鸽子每天2次，每次3滴，两者都要连续治疗10天。大多数情况下，只要为个别鸽子做治疗就可以了，定期为全部鸽子用抗生素来预防沙门氏菌的做法是值得思考的，应该避免。
事实上若定期使用抗生素做短期治疗，只会使鸽子更容易生病，因为抗生素同时也会杀死肠道里的正常有益菌，而这些有益菌能保护肠道不受沙门氏菌的伤害。一旦停止使用抗生素后，各种细菌很快又会在肠道里滋生，当然也包含沙门氏菌。
只有几羽鸽子受到感染却治疗全部的鸽子，将会使得沙门氏菌产生抗药性。不过，根据相关实验研究，在有副伤寒问题的鸽舍定期使用益生菌，能够减少沙门氏菌出现的机会。
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